Useful links

Useful links for organic chemists: where to find a basic software, web sites for prediction of NMR spectra, torrents with free data bases. Where to buy chemical reagents and equipment, find a good forum and free of charge access to SciFinder. How to get scholarships and grants in Russia. This is the aim of this section.

In Russia we have free access to almost all software that scientists use everyday in their work (e.g. MS Office, Photoshop, ChemDraw, VASP, Gaussian…). We download them by numerous torrents provided by special russian websources like RUTRACKER, or RUTOR or other. They are easy accessible by VPN, TOR, or anonymizer. This paragraph I wrote to give you an algorithm of its using.

0. Install and use FriGate – open VPN anonymizer (or other, optional step)

1. Go to https://rutracker.org/forum/index.php
Unfortunately, there is no English/Spanish translation of this site (this is why the site was not seriously blocked before). A lot of Ads.

2. Click «Вход» ( = Log in). No password? Click «Регистрация» (= registration). We will use my own account. Click «Вход».

3. Type in first gap: mark6871 (=login), in the second «пароль» (=password) gap: markmark, click «вход».

4. Write in the gap near the word «раздачи» for instance “Autocad” or “Gaussian” (or what you want). Click «Поиск» button (=Search)

5. You will see number of results («Страницы» = pages) and go down of page… And you will see

Etc. etc.
All are clickable, you can use Google translate, all programs were cracked and they don’t need Internet connection or license to work. Sometimes install process is not simple because of differences in operating systems we use, installation instructions are usually in English. You can delete version which is working incorrect and install other one whenever you want.
7. Click on a link e.g. Autodesk AutoCAD Architecture 2015 SP2 x86-x64 RUS-ENG (AIO)
8. You need only one button here “скачать торрент” (=download the torrent)
9. Click it and use BitTorrent or BitComet to download the file. Usually it is ISO-image of DVD disc, so you will need “Alcohol 120 %” or something like this to work with ISO-file. That’s all! Rutracker.org

Japan SUPER spectral database (SDBS) where is possible to search your compound by separate NMR, IR, MS signals, by elemental analysis and CAS or trivial name. Every time I visit this site I think what the damn pile of efforts Japanese spent on it and made it free and accessible for all of us. Respect!
http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/cre_index.cgi


This website contains comparison of the calculated in Gaussian 09 (and other programs) parameters of molecules and its real values. The correction coefficients for different calculation bases and methods are also given. Particularly, IR spectra calculations without these coefficients – are senseless!
http://cccbdb.nist.gov/


One of many MS calculators that can reduce elemental composition according to concrete mass peaks in HRMS spectrum. It provides a list of possible interpretations, makes cut-off by accuracy. But there is one problem: the results of this interpretation should be investigated very carefully! Sometimes (OFTEN!) a misinterpretation fits an experimental peak most closely, but the true interpretation deviates aside from the instrument m/z on thousandths or even hundredths! http://www.chemcalc.org/mf_finder


Sometimes it is really difficult to understand how to look HMBC spectrum. This website calculates HMBC spectrum by a compound formula. Of course, it can not simulate everything, but anyway — it is quite useful in complex cases. http://www.nmrdb.org/hmbc/index.shtml?v=v2.12.1


Program, without which you can not consider yourself a chemist. Basic drawing program, provides us a prediction of 1H, 13C NMR spectra, MS, CHN and a lot of different functions. All of my life I downloaded it from Rutracker.ru. The program is also on the old CDs collections and other pirate websites.

MestReNova — is a handy and free program for processing and prediction of 1H, 13C NMR spectra (Modgraph Desktop). In my opinion the interface of mnova is much better than Bruker standard program provided with NMR 300-400 MHz spectrometers. Last version (trial) can be downloaded from the official website, you work several months then delete all files, clean Win register and download it again! That is all, sure you can find the crack on a lot of torrents. Prediction of spectra is very nice and complements capabilities of ChemDraw
http://mestrelab.com/


ChemCraft – together with Gauss View visualizes results of quantum chemical calculations in Gaussian 09, it can open 3D file formats. I downloaded it from Rutracker.org (VPN is needed), it’s quite helpful!

CHEM 3D — comes bundled with CHEMDRAW, it is program for 3D visualization, MM-optimization of structure, design editor, measurements and animation. I did some molecular movies in this program. Of course, the program can not provide ORTEP projections, and visualize chemical reactions, but anyway it helps to open and investigate cif-files, including big biomolecules and proteins.


This Russian website contains several free programs for chemistry, sometimes they may be helpful. http://www.himikatus.ru/soft.php


Another site with free chemical software. http://veronium.narod.ru/HimProgram.htm


Mercury — free program for visualization of crystallographic file formats. It reads all extensions, not only cif. It has a quite complex control panel, graphics maybe is not ideal, but often the program save us when other visualizators give an incorrect data.

www.ccdc.cam.ac.uk

PASS online — free program-predictor for pharmacological activity of compounds. It works through comparison of new compounds with structures from database. It works with MOL-files and gives a lot of sapid results. As one of my professors said: if the biological activity of your compound can be predicted by the program – it means that people have already synthesized a huge pile of analogs and your compound is not original. For using of this program you need to register an e-mail (e.g., login: alt__mark, password: e162fb0967).
www.pharmaexpert.ru

Interesting Russian website with useful inorganic syntheses has been written by Aleksey Shilin.

PREPARATIVE CHEMISTRY — helpful resource with synthetic methods (organic chemistry) from English papers and journals: PrepChem.com (registration is required but it is possible to use any fantastic data like vasya@mail.ru…).


ORGANIC SYNTHESIS. A good English resource aims to collect simple and repeatable synthetic methods. Here I found simple synthesis of phthalimide , which I successfully applied to 2,3-dimethylmaleic anhydride.

Russian forum of enthusiastic chemists. Chemistry and Chemists. (FriGate/VPN is required!). Perfect Russian resource, in their journals there are a lot of detailed descriptions with photos of some maybe simple, but important and prohibited syntheses like HgCl2 preparation (for Zn/Hg catalyst) or KCN.


PDB The protein data bank — the main protein, peptide, enzyme database. The place where you can find crystal structure of biological target that you choose to begin prediction of biological activity (QSAR model) of your compounds.

NAME REACTION — small and cool English site with name reactions and explanations of its mechanisms.


FIPS_SEARCH Database of Russian inventions and applications. It is very useful to search for something you think nobody did it before. In the field of chemistry there are several nice, well reproducible U.S.S.R. patents. When exploring a new field of science and technology it’s very helpful to explore the database (and US patent database and Espacenet) regardless of REAXYS and SciFinder. Other link FIPS_en. US analoug is USPTO.

The best free library (VPN is required, anonymizer) of scientific literature in many world languages. Having a simple design and easy search mechanism, it contains a large amount of scientific books and papers in Russian, some of which are quite rare. My own target in using it was downloading a classical collection of Dirac, Einstein, Landau, Newton’s in order to find my own style, to search for inspiration, new ideas and unusual approaches. BOOKzz(now the correct link is B-OK)

E.g., I figured out that Einstein’s style in his first papers about special theory of relativity is awful! The question is how the people were able to understand and evaluate so dark and incomprehensible texts?!


Study English

It’s only a matter of time, when you will face with the necessity to pass TOEFL/IELTS in order to go abroad to study or work. Concerning myself I decided that I will have to study this language until death and maybe will approach asymptotically upper-intermediate level. Thus next links touch English language learning. All information has been provided by Zhenya Bakin

.


OZDIC — словарь словосочетаний. Например, нужно выяснить правильно ли писать «I joined to the course«, вводим «Join» и узнаем, что join не требует предлога, кроме быть может «joined in the dancing» или «join in with…«.

SMART, Smrt Academic Writing — характер речи этого преподавателя настолько стильный и ясный, трезвый и холодный, что такое редко встретишь в реальном мире. Я больше тренируюсь воспринимать на слух и учиться говорить также ясно и холодно как и он, чем слушаю правила, о которых он рассказывает.

Лекции Yale University — в данном случае о психологии любви. Об этом в 1822 году блестяще написал Стендаль «О любви», но тем не менее очень интересно послушать вполне ясную по произношению речь этого профессора. Я думаю, что когда-нибудь соберу всю мозаику в единое и стройное целое. Альтернативно — лекции MIT — это одна из тех лекций (говорений), после которой ты понимаешь, что в MIT тебе нечего делать, кроме как сделать пару фоток на память.


UEFAP — большой и мне не совсем понятный сайт, но на странице данной в ссылке можно найти массу суффиксов и префиксов, а также корней.

HYDRA — специальный скрипт, который вырезает произнесенные слова из множества видео на YOUTUBE и предоставляет возможность привыкнуть к их произношению на английском, в том числе, генерирует и викторины с отгадыванием произнесенных слов. Сайт имеет сложное разветвленное управление и нужно время, чтобы понять все его возможности.

Sainani SciWrite — еще одна практика listening, в данном случае, Stanford объясняет нам как надо резать текст и делать его короче, как менять негативное на позитивное. Все прекрасно, но вода играет большую роль в жизни.

IELTS-EXAM — это пожалуй основной сайт по подготовке к IELTS. В свое время, когда я готовился к своей первой сдаче этого экзамена, я распечатал целую книжку с тестами IELTS и тренировал скоростное чтение текстов на время когда ездил на электричке Старый Петергоф — Балтийский вокзал. Это работает прекрасно! 6.5 я получил без особых усилий на чтении (фактически это сканирование). Но writing — статистически намного более сложная часть, и этот сайт позволяет натренировать ее. В сущности, все искусство writing сводится к заучиванию 20-30 штампованных оборотов и перефразировок.

QUIZLETT — очень важный в образовании ресурс, помогающий освоить язык, генератор викторин с различными потоками. Например, MP3, сочетается с текстом — бумажками с основным смыслом и викториной… Сайт насыщен возможностями, так что его изучение занимает самостоятельное время.

Deborah Grayson Riegel — в достаточной степени сумасшедшая баба, типичная американка с их склонностью к лобовому применению психологических жемчужин для навязывания своих, в сущности, недалеких идей, существенно более слабых, чем методы, которыми они пользуются для их навязывания. На этом видео она вполне сносно себя ведет и действительно дает классные советы. Лучший из которых: «когда ты делаешь презентацию, ты должен представить что ты торгуешь туалетными ершиками и тебе надо этот товар продать. Так продай же его! Продай свою презентацию. Твои зрители — это твои клиенты. SELL! SELL! SELL!». К счастью, эти приемы — красный цвет, улыбки Хиллари Клинтон, пробирка Колина Пауэлла, приемы НЛП со вставанием 15 человек (тогда остальные тоже встанут — коллективка), все они теряют 90 % силы, если человек знает о них. Знание — сила!

STANFORD — я постепенно нахожу любовь в прослушивании таких лекций по абстрактной математике (на видео правда элементарная, но не важно). Так как тема, поданная с совсем другой школой и на другом языке заставляет вновь задуматься о старых идеях и проблемах. MIT — разрекламирован, но лекции Yale, Stanford, Prinston — ничуть не хуже, а по языку часто гораздо более предпочтительнее.


Поставщики реагентов в России:

ООО «Русхим.ру» — продают множество прекурсоров и старого оборудования/стекла с хранения, но часто требуется лично приехать, чтобы забрать реагент (например, бром). Славны тем, что продают THF, толуол, серную кислоту, бром в ампулах, диэтиловый эфир, натрий, магний, бутиллитий (дорого!) и т.д. (юридическим лицам разумеется) Сайт: РУССКИЙ ХИМИК. Где они сидят — м. Римская, проходим под ж/д станцией Серп & Молот, далее по прямой, заходим внутрь автомойки (вывески и указателей нет), налево по лестнице на 4-ый этаж. Склад-помойка, которая там наблюдается — это и есть «Русский Химик». Обстановочка полностью соответствует уровню и положению российской химии (и науки в целом) в настоящее время. Каталог магазина не настолько большой, чтобы доверять поиску, лучше просмотреть все 600-700 позиций, на что уходит 10-20 минут. На месте смотреть оборудование не дают. Часто там бывают очереди. Но зато они работают с 9-00 до 21-00 и даже по субботам до 19-00. Удобно! Работают с физ.лицами. Есть достаточно дешевые весы и лабораторное оборудование. Имеют идиотскую привычку (требование безопасности) упаковывать реактивы в синие пластиковые бочки, стоимость которых часто в разы больше стоимости самих реактивов. Рекомендую бочки потом не выкидывать, они довольно функциональные. Еще одна плохая черта — некачественная тара для перефасовки. При перефасовке таких растворителей как DCM, hexane используются: скотч, синяя изолента и бутылки как из под кока-колы. Часто приходят под давлением, распухшие пластиковые бутылки, которые в начале приходится засовывать в морозилку. Крышки и синяя изолента, обработанные растворителем, разумеется, превращаются в липкие полимерные сопли, так что пробку и тару приходится выкидывать и переливать реактив в нормальную стеклянную бутыль.



Другой надежный поставщик
— ООО «Невареактив» (Санкт-Петербург). Очень хороший поставщик, образцовое предприятие, прекрасно ухоженная территория и обставленные склады/офисы. Европейский уровень сервиса по российским ценам. Неоднократно у них был. Если задерживается поставка — возвращают деньги по рекламации в течение 1 недели. Реактивы, в основном, хорошего качества, разумеется, такие вещи как CuCl, ZnBr2(б/в), бензол (б/в)… при перефасовке (которую они делают сами, иногда прямо на складе при клиенте) зеленеют, расплываются, набирают воды. Это минус — но так и у всех остальных. Русхим, например, прекрасно продает THF с пероксидами физическим лицам. Другой небольшой недостаток — они печатают паспорта, которые им присылает производитель. Эти бумажки, иногда, никак не соответствуют содержимому. Производитель находится далеко, разбираться с несоответствием долго и никто не станет это делать. Гораздо больший недостаток — у них нет синтетической базы, все реактивы стандартные и простейшие, растворители — только стандартные, реагентов для синтеза — нет, стартовых синтетических структур — нет. Все нестандартные реактивы — импорт и цены зашкаливают (5-50 т.р., перефасовки нет). Сайт: НЕВАРЕАКТИВ. Как найти: м. Ладожская, выходим на задворки вокзала, там есть большая стоянка маршруток и трамваев (ехать 40 мин). Едем до станции ж/д «Ржевка», потом пешком 1 км (плохая дорога, собаки, ямы, лужи) по карте, нужен паспорт для прохода через охрану. Работают с 8 или 9-00 до 17-00 иногда до 16-00. Это абсолютно не удобно, так как ехать далеко. Нужно четко рассчитывать время приезда к ним. С прекурсорами — туго.


Третий, менее надежный, поставщик
— ЗАО «Вектон» — ул. 2-ой Луч (еще есть Ленреактив, но я им 1 раз только пользовался, ничего интересного). Это единственная компания, где можно найти синтетическую базу. Это единственная(!) компания, где все еще можно найти нетривиальные реактивы. Я у них покупал дейтерохлороформ, тиоанизол, фенантренхинон, фенантрен, 4-бромбензойную кислоту, 3-метабензойную кислоту и т.д. Да, по нынешним временам, это считается «нетривиальным реактивом» в РФ. Каталог интернет-магазина вообще не соответствует действительности (не обновляется с 2005 года) — только звонки по телефону или личный приезд. Через менеджеров цены ниже, а спектр соединений — шире, чем через интернет-магазин «Химик» (менеджеры — для юр.лиц). Менеджеры, с которыми я имел дело, не оставили приятного впечатления. Поставки — с задержками. На складе — бардак, свалки грязных ржавых бочек. Цены на оборудование в магазине завышены (как и на посуду). Транспорт хороший, так как до «T4» ходят бесплатные автобусы, от м. Невский проспект есть много маршруток через клинику Бехтерева. Несмотря на все недостатки, иногда, ЗАО «ВЕКТОН» — это просто спасение для синтетика от необходимости ехать за границу покупать элементарный, по синтетичеким меркам, реактив.

Seedoff — торрент-трекер на котором иногда встречается то, чего нет на других трекерах и на rutracker.


Сайты поставщиков стекла производства Химлаборприбор (г. Клин); На сайте все каталоги.