Полезные ссылки

Полезные ссылки для химика-органика: где найти нужные программы, сайты для предсказания спектров, торренты с бесплатными раздачами и базами данных. Где найти реактивы, где купить оборудование, где хороший форум, как получить бесплатный доступ к Sci-Finder… какие есть стипендии, гранты для ученых и др. — вот цель данного раздела.

Альтернативный поиск Semantic Scholar. Ищем перед всякм серьезным исследованием в: Google, Google Scholar, SciFinder, Semantic, ArXiv, PubMed. Насколько это важно? Очень, особенно для топовых областей, где каждый месяц выходит новая работа. Пример: задача исчисления СП-гидридов под высоким давлением, для которых опубликованы prediction для практически всех элементов Менделеева. Найти те немногие случаи, которые были пропущены — не легкая задачка.

База спектральных данных (SDBS) с возможностью поиска как по спектру, так и по веществу. Включает ЯМР, MS, ИК, элементный состав, позволяет искать в интервалах. Идеально подходит для проверки решения задач по курсу спектроскопии.
http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/cre_index.cgi


Данный сайт содержит сопоставление рассчитанных в Gaussian 09 (и др. программах) параметров молекул и реальных значений. Также представлены поправочные коэффициенты для разных базисов и методов. В частности, расчеты ИК спектров без этих коэффициентов — бессмысленны.
http://cccbdb.nist.gov/


Один из многих калькуляторов, восстанавливающих элементный состав иона по HRMS-пику. Выдает список возможных вариантов, делает отсечку по точности. Удобно.

Проблема только в том, что к результатам такой интерпретации нужно относится очень осторожно! Иногда к экспериментальному пику наиболее близко подходит ошибочная интерпретация, а истинная интерпретация отклоняется от приборного m/z на тысячные или даже сотые! http://www.chemcalc.org/mf_finder


Иногда действительно сложно разобраться как должен выглядеть HMBC спектр. Данный сайт по соединению рассчитывает, что должно получаться. Разумеется всего он промоделировать не может, и тем не менее — полезно! http://www.nmrdb.org/hmbc/index.shtml?v=v2.12.1


Программа, без которой ты не можешь считать себя химиком. Базовая рисовалка, предсказание ЯМР спектров, MS-данных, CHN и прочего. Всю жизнь скачивал с Rutracker.ru. Есть на старых дисках-сборниках и в других пиратских местах.

MestReNova — удобная и бесплатная программа для обработки и предсказания 1H, 13C ЯМР спектров (Modgraph Desktop). Последняя версия (trial) скачивается на официальном сайте, работает несколько месяцев — затем все сносится, чистится реестр — и устанавливается заново. Очень удобно, если нужно часто предсказывать спектры.
http://mestrelab.com/


Вместе с Gauss View — визуализирует результаты расчетов в G09, открывает также другие трехмерные форматы данных. Полезно иметь. Скачивалась раньше с rutracker.ru.

CHEM 3D, идет в комплекте с CHEMDRAW, 3D визуализация, выдает файлы довольно хорошего дизайна по молекулам. Конечно, это не ORTEP-проекции, но cif-файлы смотреть помогает.


Сайт, содержащий некоторое количество программ для химии. Некоторые из них могут быть полезны.

http://www.himikatus.ru/soft.php

Сайт также содержащий разнообразные программы для химии.

http://veronium.narod.ru/HimProgram.htm

Mercury — бесплатная программа для просмотра кристаллографических файлов — читает все разрешения, а не только cif.
Не везде легко понять интерфейс и графика временами не идеальна. Но иногда спасает, когда другие читалки cif-файлов выдают какую-то чепуху.

www.ccdc.cam.ac.uk

PASS online — бесплатная программа для предсказания фармакологической активности соединений путем сравнения с известными структурами. Работает с MOL-файлами и выдает довольно большое количество интересных результатов. Для использования нужно зарегистрироваться на любой e-mail (например, login: alt__mark, password: e162fb0967).
www.pharmaexpert.ru

Полезный сайт с интересными неорганическими синтезами написал Алексей Шилин.

Полезный ресурс с методиками органических синтезов из англоязычной литературы: PrepChem.com (требуют зарегистрироваться, но можно ввести любые данные: vasya@mail.ru…).


ORGANIC SYNTHESIS. Интересный англоязычный ресурс, цель которого — собрать простые и воспроизводящиеся методики синтезов. Здесь я, например, нашел простой и полезный синтез фталиимида , который мы применили в отношении 2,3-диметилмалеинового ангидрида.

Форум химиков-энтузиастов. Химия и Химики (нужен friGate/VPN). Отличный ресурс, в их журналах много самых детальных описаний с фотографиями некоторых простых, но важных синтезов. Например, HgCl2 для приготовления амальгамированного цинка для реакций восстановления.


PDB The protein data bank — основная база данных по белкам, пептидам, ферментам и прочему. То место, где органики смотрят свои мишени, то место, откуда биоинформатики извлекают свою стартовую геометрию для QSAR.

NAME REACTION> — небольшой англоязычный классный сайт с именными реакциями и объяснением их механизма.


Vecton — поисковик ВЕКТОН. Ситуация: сделали реакцию, 3 заместителя попробовали. Вроде идет хорошо. Что делать дальше? Надо расширять круг заместителей и публиковать химию. Но в лабе больше нет альдегидов (например). Надо прикинуть что есть в магазинах, и задействовать фантазию, какие еще крутые и интересные заместители можно бы поставить, чтобы статья была более интересной, а не F, Cl, Br, H, Me. И вот здесь на помощь приходит ВЕКТОН — поисковик по старой их базе данных, который случайным образом генерирует идеи какие еще вещества можно использовать в реакции. Просто вбейте в поисковик «альдегид», «дегид», «карбокси», «карбаль»… и вы увидите много интересных решений для продолжения вашего синтеза!


Chemistry Conferences — один из лучших поисковиков химических конференций, из тех что я знаю. Можно использовать Conference Alerts или All Conferences, но поиск будет не структурированным, не всегда находишь самые необычные и интересные направления для путешествий. А здесь все выложено на блюдечке с голубой каемочкой!


Базы данных Chemister.ru — на этом сайте в базах данных приведена информация о веществах, зачастую — очень нестандартная, например, диэлектрическая проницаемость растворов хлорной кислоты, или вот этот 10 страничный список показателей кислотности pKa множества соединений. Так что не стоит забывать об этих базах данных. Chemister.ru

Feanoturiblog.wordpress — Интересный научно-популярный блог о химии, содержит самые свежие и самые резонансные новости из нашей области

Crystallography Open Database (COD) — открытая база данных по кристаллографии, особенно полезная для простых молекул.


Organic Chemistry Portal — Ресурс, который, в частности, содержит базу данных органических реакций и статей и вот этот список защитных групп с условиями их устойчивости. Периодически попадается хороший материал, в других случаях соответсвующие разделы бедны./br>

Лучшая бесплатная библиотека (требует VPN, анонимайзер) научной литературы на множестве языков мира. С простым дизайном и легким поиском. Содержит массу научных книг на русском языке, в том числе, достаточно редкие. Моя цель при ее пользовании состояла в скачивании классических собраний сочинений Дирака, Эйнштейна, Ландау, Ньютона и др. с целью поиска того стиля, который мне нужен для написания своих работ. Для поиска вдохновения, новых идей и необычных подходов. Эйнштейна статьи 1905 г мне совершенно не понравились. Темные.Запутанные.Многословные. BOOKzz


Master Organic Chemistry — небольшой личный сайт, где можно посмотреть некоторые стандартные методики орг.синтеза и лично задать вопрос автору блога. Прелюдия: After doing a PhD in organic synthesis at McGill and a postdoc at MIT, I applied for faculty positions at universities and it didn’t work out, ha ha ha! So I decided to teach organic chemistry anyway!

Свойства растворителей — полезный сайт, где я впервые нашел схему разделения м- и п- ксилолов, что важно для азеотропного удаления этого растворителя с водой. Там же — защитные группы.

Инженер-химик — интересный блог, множество постов по биохимии, хроматографии, очистке белков. В основном информация качественного характера, реакций я там не заметил. Тем не менее, написано профессионалом.

twirpx.com — используйте для поиска книг, статей- это почти бесплатно, но мотивирует выкладывать новые книги и поддерживает авторов сервиса.

И еще — prezi.com вместо PPTX. Лучшего к сожалению пока не знаю, а очень хотелось бы!

Seedoff — торрент-трекер на котором иногда встречается то, чего нет на других трекерах и на rutracker.


Сайты поставщиков стекла производства Химлаборприбор (г. Клин); На сайте все каталоги.


Английский язык

Это только вопрос времени, когда вы столкнетесь с необходимостью сдавать TOEFL/IELTS чтобы поехать куда-либо за границу учиться/работать. Поэтому следующие ссылки касаются изучения языка. Вся информация предоставлена Женей Бакиным.



OZDIC — словарь словосочетаний. Например, нужно выяснить правильно ли писать «I joined to the course«, вводим «Join» и узнаем, что join не требует предлога, кроме быть может «joined in the dancing» или «join in with…«.

SMART, Smrt Academic Writing — характер речи этого преподавателя настолько стильный и ясный, трезвый и холодный, что такое редко встретишь в реальном мире. Я больше тренируюсь воспринимать на слух и учиться говорить также ясно и холодно как и он, чем слушаю правила, о которых он рассказывает.

Лекции Yale University — в данном случае о психологии любви. Об этом в 1822 году блестяще написал Стендаль «О любви», но тем не менее очень интересно послушать вполне ясную по произношению речь этого профессора. Я думаю, что когда-нибудь соберу всю мозаику в единое и стройное целое. Альтернативно — лекции MIT — это одна из тех лекций (говорений), после которой ты понимаешь, что в MIT тебе нечего делать, кроме как сделать пару фоток на память.


UEFAP — большой и мне не совсем понятный сайт, но на странице данной в ссылке можно найти массу суффиксов и префиксов, а также корней.

HYDRA — специальный скрипт, который вырезает произнесенные слова из множества видео на YOUTUBE и предоставляет возможность привыкнуть к их произношению на английском, в том числе, генерирует и викторины с отгадыванием произнесенных слов. Сайт имеет сложное разветвленное управление и нужно время, чтобы понять все его возможности.

Sainani SciWrite — еще одна практика listening, в данном случае, Stanford объясняет нам как надо резать текст и делать его короче, как менять негативное на позитивное. Все прекрасно, но вода играет большую роль в жизни.

IELTS-EXAM — это пожалуй основной сайт по подготовке к IELTS. В свое время, когда я готовился к своей первой сдаче этого экзамена, я распечатал целую книжку с тестами IELTS и тренировал скоростное чтение текстов на время когда ездил на электричке Старый Петергоф — Балтийский вокзал. Это работает прекрасно! 6.5 я получил без особых усилий на чтении (фактически это сканирование). Но writing — статистически намного более сложная часть, и этот сайт позволяет натренировать ее. В сущности, все искусство writing сводится к заучиванию 20-30 штампованных оборотов и перефразировок.

QUIZLETT — очень важный в образовании ресурс, помогающий освоить язык, генератор викторин с различными потоками. Например, MP3, сочетается с текстом — бумажками с основным смыслом и викториной… Сайт насыщен возможностями, так что его изучение занимает самостоятельное время.

Deborah Grayson Riegel — в достаточной степени сумасшедшая баба, типичная американка с их склонностью к лобовому применению психологических жемчужин для навязывания своих, в сущности, недалеких идей, существенно более слабых, чем методы, которыми они пользуются для их навязывания. На этом видео она вполне сносно себя ведет и действительно дает классные советы. Лучший из которых: «когда ты делаешь презентацию, ты должен представить что ты торгуешь туалетными ершиками и тебе надо этот товар продать. Так продай же его! Продай свою презентацию. Твои зрители — это твои клиенты. SELL! SELL! SELL!». К счастью, эти приемы — красный цвет, улыбки Хиллари Клинтон, пробирка Колина Пауэлла, приемы НЛП со вставанием 15 человек (тогда остальные тоже встанут — коллективка), все они теряют 90 % силы, если человек знает о них. Знание — сила!

STANFORD — я постепенно нахожу любовь в прослушивании таких лекций по абстрактной математике (на видео правда элементарная, но не важно). Так как тема, поданная с совсем другой школой и на другом языке заставляет вновь задуматься о старых идеях и проблемах. MIT — разрекламирован, но лекции Yale, Stanford, Prinston — ничуть не хуже, а по языку часто гораздо более предпочтительнее.


Поставщики реагентов в России:

ООО «Русхим.ру» — продают множество прекурсоров и старого оборудования/стекла с хранения, но часто требуется лично приехать, чтобы забрать реагент (например, бром). Славны тем, что продают THF, толуол, серную кислоту, бром в ампулах, диэтиловый эфир, натрий, магний, бутиллитий (дорого!) и т.д. (юридическим лицам разумеется) Сайт: РУССКИЙ ХИМИК. Где они сидят — м. Римская, проходим под ж/д станцией Серп & Молот, далее по прямой, заходим внутрь автомойки (вывески и указателей нет), налево по лестнице на 4-ый этаж. Склад-помойка, которая там наблюдается — это и есть «Русский Химик». Обстановочка полностью соответствует уровню и положению российской химии (и науки в целом) в настоящее время. Каталог магазина не настолько большой, чтобы доверять поиску, лучше просмотреть все 600-700 позиций, на что уходит 10-20 минут. На месте смотреть оборудование не дают. Часто там бывают очереди. Но зато они работают с 9-00 до 21-00 и даже по субботам до 19-00. Удобно! Работают с физ.лицами. Есть достаточно дешевые весы и лабораторное оборудование. Имеют идиотскую привычку (требование безопасности) упаковывать реактивы в синие пластиковые бочки, стоимость которых часто в разы больше стоимости самих реактивов. Рекомендую бочки потом не выкидывать, они довольно функциональные. Еще одна плохая черта — некачественная тара для перефасовки. При перефасовке таких растворителей как DCM, hexane используются: скотч, синяя изолента и бутылки как из под кока-колы. Часто приходят под давлением, распухшие пластиковые бутылки, которые в начале приходится засовывать в морозилку. Крышки и синяя изолента, обработанные растворителем, разумеется, превращаются в липкие полимерные сопли, так что пробку и тару приходится выкидывать и переливать реактив в нормальную стеклянную бутыль.



Другой надежный поставщик
— ООО «Невареактив» (Санкт-Петербург). Очень хороший поставщик, образцовое предприятие, прекрасно ухоженная территория и обставленные склады/офисы. Европейский уровень сервиса по российским ценам. Неоднократно у них был. Если задерживается поставка — возвращают деньги по рекламации в течение 1 недели. Реактивы, в основном, хорошего качества, разумеется, такие вещи как CuCl, ZnBr2(б/в), бензол (б/в)… при перефасовке (которую они делают сами, иногда прямо на складе при клиенте) зеленеют, расплываются, набирают воды. Это минус — но так и у всех остальных. Русхим, например, прекрасно продает THF с пероксидами физическим лицам. Другой небольшой недостаток — они печатают паспорта, которые им присылает производитель. Эти бумажки, иногда, никак не соответствуют содержимому. Производитель находится далеко, разбираться с несоответствием долго и никто не станет это делать. Гораздо больший недостаток — у них нет синтетической базы, все реактивы стандартные и простейшие, растворители — только стандартные, реагентов для синтеза — нет, стартовых синтетических структур — нет. Все нестандартные реактивы — импорт и цены зашкаливают (5-50 т.р., перефасовки нет). Сайт: НЕВАРЕАКТИВ. Как найти: м. Ладожская, выходим на задворки вокзала, там есть большая стоянка маршруток и трамваев (ехать 40 мин). Едем до станции ж/д «Ржевка», потом пешком 1 км (плохая дорога, собаки, ямы, лужи) по карте, нужен паспорт для прохода через охрану. Работают с 8 или 9-00 до 17-00 иногда до 16-00. Это абсолютно не удобно, так как ехать далеко. Нужно четко рассчитывать время приезда к ним. С прекурсорами — туго.


Третий, менее надежный, поставщик
— ЗАО «Вектон» — ул. 2-ой Луч (еще есть Ленреактив, но я им 1 раз только пользовался, ничего интересного). Это единственная компания, где можно найти синтетическую базу. Это единственная(!) компания, где все еще можно найти нетривиальные реактивы. Я у них покупал дейтерохлороформ, тиоанизол, фенантренхинон, фенантрен, 4-бромбензойную кислоту, 3-метабензойную кислоту и т.д. Да, по нынешним временам, это считается «нетривиальным реактивом» в РФ. Каталог интернет-магазина вообще не соответствует действительности (не обновляется с 2005 года) — только звонки по телефону или личный приезд. Через менеджеров цены ниже, а спектр соединений — шире, чем через интернет-магазин «Химик» (менеджеры — для юр.лиц). Менеджеры, с которыми я имел дело, не оставили приятного впечатления. Поставки — с задержками. На складе — бардак, свалки грязных ржавых бочек. Цены на оборудование в магазине завышены (как и на посуду). Транспорт хороший, так как до «T4» ходят бесплатные автобусы, от м. Невский проспект есть много маршруток через клинику Бехтерева. Несмотря на все недостатки, иногда, ЗАО «ВЕКТОН» — это просто спасение для синтетика от необходимости ехать за границу покупать элементарный, по синтетичеким меркам, реактив.

JK-scientific — хороший заграничный поставщик, дешевле многих.